哈尔滨工程大学马克思主义学院是在1953年“哈军工”建校时期的马列主义教研室基础上发展起来的，历经七十年代的社科部、八十年代的社科系，九十年代的人文学院等历史发展阶段,于2009年从人文社会科学学院独立出来成立了思政部，成为直属学校领导的独立的二级办学单位，负责全校本科生、研究生的思想政治理论课教学和马克思主义理论学科人才培养工作;2014年正式更名为马克思主义学院;2021年获批马克思主义理论一级学科博士学位授权点;2022年获批思想政治教育国家一流本科专业、中宣部全国基层理论宣讲先进集体、教育部大中小思政课一体化共同体牵头单位;2024年马克思主义学院获评省基层思想政治工作示范点、思想政治教育专业(平台)党支部入选第四批“全国党建工作样板支部”培育创建单位。

学院现有习近平新时代中国特色社会主义思想概论教研部、思想道德与法治教研部、中国近现代史纲要教研部、马克思主义基本原理教研部、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研部、形势与政策教研部、研究生思政课教研部等基层学术组织，以及思想政治教育专业(平台)建设管理中心。